Wieś powstała w 1505 r. Nazwa jej nawiązywała do bóstwa pogańskich Prusów i Litwinów. W 1561 r. mieszkańcy Pierkunowa przenieśli się do Fuledy, odstępując ziemię skarbowi państwa. Później pewien czas gospodarzyła polska rodzina szlachecka Biberstejnów. Przed wojną był tu majątek państwowy 882 ha z gorzelnią. Szkoła powstała w Pierkunowie w 1817 r. W 1935 roku nazwę wsi (urzędowo: Pierkunowen) przekształcono na Perkunen.
Źródło: Andrzej Wakar, Tadeusz Willan, Giżycko z dziejów miasta i powiatu, wyd. Pojezierze, Olsztyn 1966.